Leider gibt es keine offiziellen Hinweise, warum der Fuchsturm ausgerechnet diese Namen trägt. Es gibt dazu keine Dokumente oder Urkunden. Der Hausberg mit seiner langen Geschichte und gleich mehreren Burgen gibt ebenfalls keinen direkten Hinweis auf den Namen. Keine der Burgen trug den Fuchs im Namen und daher lässt sich nicht direkt ableiten, wie der Turm zu seinem Namen kam.

Zu Zeiten der Entstehung des Sinnspruchs der 7 Wunder von Jena muss der Turm aber bereits den Namen getragen haben. Man kann also zumindest ansatzweise eingrenzen, bis wann die Namensgebung erfolgt sein muss. Seit dem hat sich die Benennung erhalten, bis heute trägt der Turm den deutschen Namen Fuchsturm.

Bechstein führt in seinen Sagen den Namen auf einen Lehrer g zurück, der in den Anfangszeiten der Universität von einer Naumburger Schule an die Universität berufen wurde und auch im Sommer immer einen Fuchspelz trug. Das sorgt für Spott vor allem bei den Studenten und bald darauf trug nicht nur er den Spitznamen “Fuchs”, sondern auch alle neuen Studierenden. Die Bezeichnung wurde vom Lehrer, der von der Schule kam auf alle übertragen, die von einer Schule kamen, also auf alle neuen Studenten. Die “Füchse” waren danach die neuen Studenten, die gerade an der Universität neu eingeschrieben waren. Die Bezeichnung wurde dann in einem letzten Schritt auch auf den Fuchsturm übertragen, denndieser Ort war ein beliebtes Ziel für Initiation- und Aufnahmeriten für die neuen Studierenden.

Edmund Spiess dagegen sieht den Namensgeber im realen Fuchs. Die Tiere waren rund um Jena ein Ärgernis und richteten vor allem in den Weinbergen der Stadt viel Schaden an. Der Hausberg soll voll von Fuchsbauen gewesen sein und daher wurde der Turm bald der Fuchsturm genannt.

Einen dritte Variante leitet sich angeblich von Konrad von Wettin ab. Dieser wurde 1123 dort eingekerkert und in einem eisernen Käfig außen am Fuchsturm gefangen gehalten. Konrad hatte behauptet Heinrich der Jüngere, Marktgraf von Meißen, wäre gar nicht der rechtmäßige Graf, sondern ein Kind außerhalb der Erblinie. In der darauffolgende Fehde unterlag Konrad allerdings und wurde auf dem Fuchsturm (damal swohl nicht Burg Kirchberg) eingesperrt. Nach einem Jahr starb Heinrich allerdings und Konrad wurde qua Erblinie sein Nachfolger und daher wieder entlassen. Den Namen Fuchs soll Konrad im Volksmund bekommen haben, weil er wie ein Hühnerdieb versucht hatte, die Grafschaft seines Verwandten zu bekommen. Daher dann auch der Name des Turmes.

Diese Geschichte wird auch von Bechstein erwähnt, der sie aber nicht in den Zusammenhang mit dem Namen des Turmes bringt. Zumindest für Bechstein war Konrad von Wettin daher wohl nicht der Namensgeber des Turmes.

Eine weitere Deutung findet sich bei Karl Julius Weber. Dieser bezieht sich auf die biblische Geschichte von Simson, der mit seinen Schakalen (Füchsen) gegen die Philister ritt. Philister waren in Jena die Bürger  und die Füchse (also die neuen Studenten) mussten ihnen Streiche spielen.

Welche der Geschichten nun zutrifft oder ob es einen andere Herkunft des Namens gibt, bleibt bisher unklar, denn es gibt keine Dokumente, die den Namen belegen würden. Es ist auch eher unwahrscheinlich, dass sich passende Unterlagen dazu finden werden, dazu ist der Turm einfach zu unbedeutend für die Verwaltung und wurde über Jahrhunderte nur als Ruine gesehen und kaum öffentlich erwähnt. Adrian Beier (Geographus Jenensis) führt den Turm bei den Gebäude und Wahrzeichen von Jena beispielsweise gar nicht mit auf, auch wenn er sonst sehr sorgfältig mit anderen Gebäude außerhalb der Stadt umgegangen ist. Daher kann man wohl auch in Zukunft noch über die verschiedenen Namensgrundlagen spekulieren.